У нас розничный магазин. До 15 марта необходимо переходить на ЕГАИС V3. Подскажите, что у нас поменяется? Как учитывать поштучную алкогольную продукцию?

с 15 марта переходный период. Вам необходимо изменить только формат обмена с ЕГАИС на V3. Как это сделать описано здесь: https://fort.crimea.com/support/viewtopic.php?id=1398
Этот формат не влияет на ваш бизнес процесс. Вы как принимали накладные так и принимаете. Ничего не меняется.
19 марта будут выпущены финальные релизы 1С с помарочный учетом. Вот после обновления на эти релизы у Вас будет возможность подтверждать ТТН указывая каждую акцизную марку.