Запускаю обработку "Корретировка остатков", списываю и ставлю на баланс алкогольную продукцию, но после этого остатко все-равно "вылазиют" расхождения по 1-2 бутылки, почему?

Это происходит скорее всего из-за того, что перед запуском этой обработки вам необходимо закрывать смену. Т.к. обработка выводит остатки товаров 1с из регистра "остатки организации", а этот регистр "двигается" документом "отчет о розничных продажах", а не "чек ккм"