Если в течении года по некоторым сотрудникам исправлялся НДФЛ вручную, как сделать, чтобы на следующий год не было перерасчетов?

НДФЛ в программе рассчитывается нарастающим итогом с начала года, поэтому если есть ручные правки, они буду в следующем месяце возвращаться. В конце года сделать документ Перерасчет НДФЛ, в котором будут учтены все перерасчеты.