Формируем Акт списания ЕГАИС со 2го регистра. Ошибка - необеспеченный расход алкогольной продукции или Не найдена продукция в торговом зале. На остатках во 2 регистре позиция есть, позиции сопоставлены. В чем может быть причина?

В протоколе обмена с ошибкой необходимо смотреть не "код строки" с ошибкой, а "алкогольный код". И далее в остатках ЕГАИС искать данную продукцию не по наименованию, а по алкогольному коду.
При таком анализе вы убедитесь, что у вас данной алкогольной продукции не хватает на остатке для списания.