Что делать, если я подтвердила ТТН Входящую вчера, а только сегодня передала документ "Передача в регистр №2", но мы еще эту партию не продавали?

Если вы вчера не продавали данную партию алкоголя, то все у вас хорошо.
Если продажа вчера осуществлялась, то сделать ничего уже нельзя уже. Просто за вчерашний день у вас на регистре №2 будет отрицательный остаток, а сегодняшним днем вы его перекроете документом "Передача в регистр 2".