При заполнении РСВ за 9 месяцев организации с льготным тарифом МСП в ЗУП 3.1 данные отражаются с минусами, отчет не проходит КС, что делать?

Это ошибка конфигурации, зарегистрирована под номером 80000252, будет исправлена в будущих релизах.
Для исправления данных выпущен патч  EF_80000252 к последнему релизу ЗУП 3.1.27.90.
"В организациях, применяющих льготный тариф исчисления страховых взносов для МСП (или аналогичные), в отчете Расчет по страховым взносам (РСВ) неверно заполняются показатели исчисленных взносов: по коду тарифа 01 они завышены двое."