С физическим лицом, не сотрудником, заключен договор на аренду помещения. В ЗУП оформляем документ Начисление прочих доходов, но каким документом выплатить арендную плату?

Выплата таких сумм в программе ЗУП 3.1 не реализована. В зарплатной программе производится только начисление доходов для целей налогообложения и включения этих сведений в отчетность. Далее формируется документ Отражение зарплаты в бухучете, который синхронизируется в БП 3.0 и выплата уже производится на стороне бухгалтерской программы через кассу или банк: Дт 76.10 Кт 50/51