Если была переплата по НДФЛ нужно ее отражать в отчете 6-НДФЛ?

Удержанный НДФЛ попадает в ведомость по исчисленному, переплату отображать не нужно. В ИФНС по итогу за год с отчетом 2-НДФЛ попадет информация, сколько всего исчислено и удержано НДФЛ, сколько уплачено информация есть в ФНС и можно проверить по ОСВ. Если есть переплата можно написать в ФНС запрос на сверку, и разрешение переплату зачесть в счет будущих платежей.