Как разделить нумерацию счетов-фактур по видам деятельности?

Основное (и единственное) правило — номера присваиваются в хронологическом порядке по мере составления/выставления счетов-фактур (подп. «а» п. 1 правил заполнения счета-фактуры, подп. «а» п. 1 правил заполнения корректировочного счета-фактуры).
Период возобновления нумерации организация может установить в учетной политике самостоятельно в зависимости от количества оформляемых ею документов. Например, возобновлять нумерацию можно с начала очередного года, квартала, месяца. Единственное, против чего высказывались чиновники, — это ежедневная нумерация счетов-фактур с первого номера (письмо Минфина России от 11.10.2013 № 03-07-09/42466).
В связи с вышеизложенным - делить нумерацию счетов-фактур по видом деятельности нельзя.