У нас реально возникла переплата по НДФЛ, но как теперь ее увидеть при следующем перечислении? По отчетам в ЗКГУ переплаты нет.

Для того чтобы зарегистрировать переплату нужно в ведомости на выплату зарплаты за февраль снять флажок Налог перечислен вместе с зарплатой. Создать документ "Перечисление НДФЛ в бюджет" в тоже разделе есть ссылка. В созданный документ сумма подставится из ведомости, нужно заменить ее сумму фактически перечисленного НДФЛ. При этом в отчете Анализ НДЛФ по месяцам поямится пустая строчка, в поле оплата будет указана реальная сумма переплаты по НДФЛ.