Выплатили отпускные, но у сотрудника остался долг. Почему?

Если зарплата начисляется в документе отпуск, то к выплате подлежит сумма начисленная в документе-отпуск минус сумма удержанная в документе отпуск, если был выплачен аванс и есть другие разовые начисления в ведомости на выплату нужно выбирать режим выплаты не Отпуск, а Зарплата, тогда суммы выплаченного аванса и других начислений будут учтены.