Мы работаем только с юридическими лицами и ИП , бывает, что клиенты платят нам по своей банковской карте По законодательству мы обязаны воспользоваться онлайн кассой в таком случае, но ее у нас нет, как правильно поступить?

Да, в таком случае, Вам необходимо по данному платежу выбить кассовый чек . Если онлайн кассу вы все же не планируете приобретать, то ФНС рекомендует в течении 10ти дней вернуть данный платеж в банк ( отказаться от него) и попросить конрагента оплатить счет со своего расчетного счета.