Если годовая премия начисляется в документе Начисление зарплаты, и сумма вводится документом Данные для расчета зарплаты, то в расчет среднего она попадает, как премия за текущий год, несмотря на то, что в настройках вида расчета установлено Годовая премия, за прошлый год. Если ввести годовую премию документом Премия отдельно, то в расчет среднего премия попадает правильно.