Как начислить пени за просрочку по договору?

В договоре указать срок платежа.
Далее перейти в Продажи - Начисление пени - Создать - выбрать контрагента - документ расчетов, указать сумму долга и ставку.
Кол-во дней и пеню расчитывается автоматически.